A principios del siglo XX, con una población de inmigrantes, en su mayoría, el pueblo de Zapala vio la necesidad de dictar diferentes medidas para sanear los problemas de salud de la población, una de ellas fue la decisión de peticionar a la Nación la construcción de un Centro Sanitario – Hospital, que hasta este momento se atendían con médicos a domicilio.

Los primeros médicos que atendieron la salud local fueron; en 1924 el Dr. Renato Riverin y el Dr. Silcio Macias, en 1928 llega el Dr. Víctor Enzio Zani, médico clínico, que atedia a sus pacientes en sus respectivos hogares. En 1930, arriba el Dr. Chiape, que procedía de Chos Malal, siendo médico clínico militar, se complementaba con el Dr. Zani en la asistencia de los enfermos. En 1933, llega el Dr. Osvaldo Pesqueira, médico clínico, quien atendía en el Hospital y en su propia clínica.

En 1940, es inaugurado el Hospital, aunque sus servicios se prestaban desde el año 1934. En 1944, llega con nombramiento de Salud Pública de la Nación el primero director del Hospital, el Dr. Jorge Juan Pose. En ese entonces, el Hospital contaba con una sala de internación para mujeres con 12 camas, un biombo separaba el sector para las mujeres parturientas que contaban con 4 camas. La sala de hombres disponía de 12 camas.

También se incluía una oficina con baño, donde funcionaba la fracción administrativa a cargo de la Sra. Celia Santoandré de Bardini, como ayudantes administrativas se desempeñaban las Sras. María Ester Valdebenito e Inés Castellano. Ingresan a trabajar como mucamas, para luego ser enfermeras las Sras. Filomena Seguel, Luz Ballestero y María Figueroa.

En 1955 continuaba como director el Dr. Jorge Juan pose, como pediatra se encontraba el Dr. Carlos Burdes, en radiología el Técnico Carlos Loggia. Es ese mismo año es nombrado el 2do director del Hospital, el Dr. Carlos Burdes. Llegan a Zapala los Dres. Salto y Fusari, ambos cumplían funciones en el Hospital Militar de Covunco. Aproximadamente en el año 1958 arriba el Dr. Norberto Kurchan.

En 1960 asume la dirección del Hospital Zapala el Dr. Pedro Emilio Soria, y se capacita mas personal para enfermería, entre ellas Eduarda Rivera, Inés Alarcón, Matilde Araya, Yolanda Campos.

Alrededor de 1962, comienza la ampliación de Hospital, se habilitan 2 salas de internación, se inauguran 2 consultorios externos y se crea la farmacia. El Hospital contaba con un jeep- ambulancia para el traslado de sus pacientes, vacunación y recorridas rurales a Laguna miranda, Ñireco, Barda Negra.

Llega a Zapala e ingresa como bioquímico al Hospital el Dr. Bioquímico Eugenio Gerlotti, quien encuentra un laboratorio precario, que comienza a poblarse de maquinarias, materiales necesarios para desarrollar la tarea. En 1965, el equipo médico estaba compuesto por los Doctores. Amado Altamirano, Guzmán, Di Blasio, Solorzano, la Dra. Elena de la Vega, médica pediatra. En aquellos tiempos no se realizaban guardias permanentes, es por eso que la policía, en situaciones de urgencia, debía ubicar al médico.

En la década del ´70 arriban a Zapara los Doctores; Alberto Falcioni, Cuevas, Flavio Contreras, Julio Rigamonti. En 1980, la Sra. Susana Irene Zingoni, estaba a cargo de la Administración del Hospital.  En 1983 Doña Francisca Gil de Echevarría dona parte de su patrimonio para la creación de una nueva sala, donde actualmente desarrolla su actividad la Guardia.

En 1984, se realiza la ampliación del área de consultorios externos, sectores administrativos, estadística, economía, dirección y un aula para residentes. Durante la gestión 1984-1987, detectaron la importancia de transformar el Hospital Zonal Zapala en Interzonal procurando un nivel VI de complejidad. De allí en más, a los efectos de insertar el concepto en el ambiente de la decisión política, se comenzó a denominar al Hospital Zapala, como Interzonal.

Se diseño un plano para adecuar la planta física existente a los requerimientos para satisfacer la necesidad de concretar el mayor centro médico para la referencia y contrarreferencia de todo el eje cordillerano (Zonas Sanitarias II, III y IV).

En 1987 los sectores cocina, lavadero, mantenimiento y esterilización son reformados.

En 1991 se realiza una modificación parcial del área de guardia, se amplía internación de cirugía (15 camas), se habilita el sector clínica médica. También se inaugura la residencia en medicina general, siendo en la actualidad uno de los centros de capacitación médica del interior provincial.

1991-1993 se remodela y amplia el laboratorio de análisis clínicos, y se habilita un nuevo quirófano.

1993-2000 se construyeron 8 consultorios externos con servicios, 4 consultorios odontológicos, una nueva aula. Se dispone otro quirófano, con sus salas posquirúrgicas.  

2000-2004 remodelación del servicio internación de neonatología y pediatría.

2005 finalización de la primera remodelación del Hospital.

2009 se inaugura el servicio de Terapia Intermedia.

En el año 2018, se llamó a licitación para la ampliación del Hospital Zapala, con un plazo de 720 días, y una superficie nueva total de 3.268,22 m2; con una cantidad total de camas de 66 unidades.

En la planta baja se va a ubicar la internación pediátrica con una cantidad de 39 camas nuevas, 14 unidades de consultorios pediátricos. En el segundo nivel, se va a ubicar la internación de adultos con una cantidad total de 24 camas, mas el sector administrativo.

En Diciembre del año 2019 finaliza la obra de ampliación.

Mayo del 2020 se inaugura la ampliación del Hospital.

Como Directores del Hospital desde el año 1970 al 2022 se sucedieron los Doctores: Norberto Esteban Kurchan, Gualberto Carlos Méndez Valdemarín, Walter Enrique González (2 períodos), Carlos Alberto Garay Pérez (2 períodos), Eduardo Luis Fuentes, Rubén Monsalvo, Luis Hernán Ciani, Gabriel Aníbal Labatte, Darío Daniel Piccoli.